Med drugim je nujno upoštevanje uredbe o varstvu voda pred onesnaževanjem z nitrati, ki določa mejne vrednosti vnosa dušika iz kmetijskih virov v tla ter ukrepe za zmanjšanje in preprečevanje onesnaževanja voda.

Ključna je mejna vrednost letnega vnosa dušika iz živinskih gnojil, ki ne sme presegati 170 kg N/ha kmetijskih zemljišč v uporabi na ravni kmetijskega gospodarstva. Letni vnos organskih gnojil na posamezno enoto rabe kmetijskih zemljišč pa ne sme presegati 250 kg N/ha.

Rastlinam se ne sme dodajati gnojil v času, ko jih rastline ne morejo koristiti, kar se zgodi pozimi, ko se temperature spustijo pod pet stopinj. Od 15. novembra do 15. februarja je zato v celoti prepovedana raba tekočih živinskih gnojil, kot je npr. gnojevka. Izjeme so določene le za mediteranski del, kjer prepoved velja od 1. decembra do 31. januarja.

Gnojenje s hlevskim gnojem je prepovedano od 1. decembra do 15. februarja, gnojenje z mineralnimi gnojili, ki vsebujejo dušik, pa od 15. novembra do 1. marca. Izjeme so možne le, če gre za gnojenje v rastlinjakih in gnojenje ozimin.

Če je na zemljišču sneg, se ne sme gnojiti in to ne glede na to, kakšna je debelina snežne odeje. Prav tako je prepovedano gnojenje zemljišč, ki so poplavljena, zmrznjena ali nasičena z vodo.

Kmetovalci morajo imeti svoja gnojišča urejena tako, da ne prihaja do izcednih voda ter do onesnaženja z dušikom površinske in podzemne vode. Veliko težavo pri tem predstavlja veliko število majhnih kmetij, ki še vedno prevladujejo v Sloveniji, zato so za te kmetije določila za skladiščenja živinskih gnojil nekoliko milejša. Poleg prijav, ki se nanašajo na gnojenje pozimi, inšpektorji veliko število prijav prejmejo tudi poleti zaradi smradu.

Po podatkih Kmetijskega inštituta Slovenije se je v zadnjih letih v Sloveniji bilanca dušika v kmetijstvu močno izboljšala. To pomeni, da se z dušikom v zadnjih letih gnoji veliko bolj racionalno, torej prilagojeno potrebam rastlin, stanju v tleh ter naravnim danostim.