Vatikanski muzeji so sicer omejili število obiskovalcev kapele na 20.000 na dan, pri čemer je lahko v njej hkrati največ 2000 ljudi. Kljub temu obiskovalci z dihanjem, potenjem in telesno toploto močno vplivajo na kakovost zraka v kapeli in posledično prispevajo k hitrejšemu staranju fresk. Vrata kapele so namreč za obiskovalce odprta praktično vsak dan, razen v času konklava.

Nov sistem prezračevanja temelji na obstoječih prezračevalnih kanalih, ki so jih namestili leta 1994, zagotavlja pa dovolj počasno kroženje zraka, da ne ogroža fresk. Kakor pravi John Mandyck iz ameriškega podjetja Carrier, ki je poskrbelo za posodobitev prezračevalnega sistema, so v prostoru namestili več kamer, s pomočjo katerih nadzorujejo število obiskovalcev, v različna tipala, s pomočjo katerih preverjajo pretok zraka, filtriranje prahu v njem in stopnjo vlago.

Sikstinsko kapelo po novem razsvetljuje približno 7000 LED-svetilk, ki za svoje delovanje porabijo 90 odstotkov manj električne energije kot prejšnje, poleg tega pa tudi občutno manj segrevajo zrak v kapeli. Vatikan je namestitev varčne razsvetljave zaupal nemški družbi Osram. Kapela bo najbolj osvetljena, ko bo imel v njej papež obrede, srednje osvetljena bo, ko bodo v njej obiskovalci, najmanj pa, ko bo bolj ali manj prazna.