Tudi po besedah evropskega komisarja za zdravje in potrošnike Tonia Borga je eden od namenov uredbe ohraniti globalno konkurenčnost evropske semenarske industrije, opozarja v svojem sporočilu Inštitut za trajnostni razvoj, ki opozorja na ključne poudarke dokumenta, kakor je zastavljen.

Zahteva namreč, da se registrirajo vsi pridelovalci semen, vključno s kmeti in vrtnarji oz. vrtičkarji, ki kakorkoli prodajajo seme, tudi če gre za nekomercialno prodajo. Ta birokratski pristop bi v praksi pomenil, da se mnogi – ali celo večina – teh pridelovalcev ne bodo več ukvarjala s semeni, kar bo nedvomno udarec biotski raznovrstnosti na vrtovih in poljih. Še več, kmete, ki bi svoja semena delili z drugimi, bi celo oglobili. Izmenjava semen med lokalnimi ohranjevalci bi bila v omejenem obsegu sicer možna, a kakršnekoli odškodnine ali prispevki bi bili prepovedani.

Predlog sicer odpira možnosti za heterogene sorte, a zelo megleno, in ne vsebuje jasnih in preprostih določb, ki bi žlahtniteljem in kmetom dovoljevala delo s sortami na temelju genetske heterogenosti, s čimer lahko ustvarjajo sorte, ki so prilagojene na širok razpon lokalnih podnebnih razmer. Danes prevladujejo skoraj izključno homogene industrijske sorte, medtem ko so za ekološko kmetijstvo zelo pomembne sorte, ki so genetsko pestre.

Dokument omenja tržne niše (oziroma male proizvajalce semen za tržne niše), vendar pa ni nikjer zagotovljeno, da natančnejša opredelitev (v sekundarnih predpisih) ne bo ureditve zakomplicirala tako, da v praksi te rešitve ne bodo mogle živeti, opozarjajo v institutu . Predlog tako uničuje sisteme, v katerih je kmet lastnik semena, kar pa ne bo vplivalo samo na Evropsko unijo, ampak tudi na svetovno ureditev. V deželah v razvoju so taki sistemi še vedno osnova preživetja in lokalnega gospodarstva; EU bo prek sistema ekvivalence in posebnih izvoznih dogovorov »izvozila« kriminalizacijo teh sistemov in ogrozila tradicionalno kmetijstvo v deželah v razvoju, ki prehrani 70 odstotkov svetovnega prebivalstva.

Inštitut za trajnostni razvoj v svojem sporočilu opozarja še na druge pomembne težave v zvezi s semeni in sortami v EU, ki jih je treba rešiti. Tako bi npr. morali uzakoniti zahtevo, da mora biti ves semenski material, ki ni označen kot GSO, 100-odstotno čist (brez kakršnihkoli primesi GSO), saj je to edini način, da se prepreči onesnaževanje hrane z GSO. Opozarja še na problem Evropskega patentnega urada (EPO), čigar zadnje dejavnosti kažejo, da bi morala EU prepovedati kakršnekoli patente za rastline in žlahtnjenje rastlin. EPO namreč kljub stališču evropskega parlamenta in 2 milijonoma zbranih nasprotujočih podpisov nadaljuje s podeljevanjem neupravičenih patentov za rastline, njihove dele in celo samo gojenje.