Karantenski škodljivi organizmi so omejeno razširjeni in posebno nevarni za rastline, zato ker so prenašalci bolezni. Prenašajo s sadikami, raznimi deli rastlin, zemljo itd. Za njihovo zatiranje so potrebni posebni ukrepi. V večini primerov se okužene rastline izkrči in uniči. Ti organizmi se ne smejo širiti v drevesnicah, matičnih nasadih in nasadih, namenjenih pridelavi sadja. Potrebni so redni pregledi dreves v času vegetacije in upoštevanje fitosanitarnih ukrepov, ki jih predpiše Uprava za varno hrano, veterinarstvo in zdravje rastlin UVHVVR. Za nekatere je denimo določeno razmejitveno območje okoli žarišč bolezni, v katerem je obvezno škropljenje proti bolezni. Med karantenskimi boleznimi sadnega drevja je tudi nekaj tistih, o katerih smo v tiskani prilogi Dela in dom 18. septembra pisali v prispevku Kužna drevesa je treba uničiti: denimo hrušev ožig, leptonekroza koščičarjev in češpljeva šarka. Poleg njih so v sadjarstvu karantenske tudi plodova monilija, jagodna oglata listna pegavost in kostanjev rak. Med karantenskimi škodljivci, ki povzročajo veliko gospodarsko škodo sta tudi kostanjeva šiškarica in v vinogradništvu ameriški škržatek, ki je prenašalec zlate trsne rumenice, fitioplazmatske bolezni, zaradi katere lahko v nekaj letih propadejo celi vinogradi. S karantenskimi boleznimi in škodljivci imamo opraviti tudi v poljedeljstu, vrtnarstvu, drevesničarstvu in gozdarstvu. Fitosanitarnih predpisov, pripravljenih za obvladovanje posamezne bolezni, v sadovnjakih niso dolžni upoštevati le profesionalni sadjarji, temveč vsi lastniki rastlin, ki na njih opazijo simptome karantenski bolezni. O njih se lahko podrobneje pučijo na spletnih straneh Uprave za varno hrano, veterinarstvo in zdravje rastlin ali portalu Fito-info (Slovenskem informacijskem sistemu za varstvo rastlin) v razdelku Posebna obvestila, s sumom pa morajo seznaniti fitosanitarnega inšpektorja, strokovnjaka službe za varstvo rastlin na lokalnem kmetijsko gozdarskem zavodu ali kar UVHVVR.